Docker 与 Apptainer

使用 Docker 运行 Docker 镜像：

docker run -it --rm <image> command

其中：

• -it：让你能够像操作 shell 一样与容器交互
• --rm：容器退出时自动将其删除。
• command：在容器内运行的命令，通常为 bash

通过 -v 绑定可以将本地目录挂载到容器中以实现持久化存储。 例如，下面的命令会让本地的 ~/mywork 以 /usr/local/mywork 的形式在容器中可用：

docker run -it --rm  -v ~/mywork:/usr/local/mywork <image> command

常用命令

Dockerfile 关键字 CMD 可以指向一个脚本，如果未在 Docker run 命令中指定要执行的命令，该脚本就会运行。

关键字 ENTRYPOINT 定义了一个始终会在容器中运行的脚本， 无论是否指定 command 参数。

可以在运行时用下面的选项覆盖入口点（此处以 sh 为例）：

--entrypoint /bin/sh

检查镜像：

docker image inspect <image> 

Apptainer

Linux 主机上提供了 apptainer（原名 Singularity），其用法与 Docker 类似。 它使用一个缓存目录来存储镜像，因此我建议将该缓存设置到 磁盘容量较大的位置。在下面的示例中使用 /path/to/user/cache：

export sif_cache=/path/to/$USER/sif

然后：

export APPTAINER_CACHEDIR=$sif_cache/apptainer-cache 
export APPTAINER_TMPDIR=$sif_cache/apptainer-tmp 
export TMPDIR=$sif_cache/apptainer-tmp 

apptainer exec --cleanenv --bind ~/mywork:/usr/local/mywork \
  <image> command