Docker と Apptainer

Docker を使って Docker イメージを実行するには:

docker run -it --rm <image> command

各項目の意味は次のとおりです:

• -it: コンテナをシェルのように対話的に操作できるようにします
• --rm: コンテナ終了時にコンテナを自動的に削除します。
• command: コンテナ内で実行するコマンドで、通常は bash です

永続的な保存のためにローカルディレクトリをコンテナにマウントするには、-v バインディングを使用します。 たとえば次のようにすると、ローカルの ~/mywork がコンテナ内で /usr/local/mywork として利用できるようになります:

docker run -it --rm  -v ~/mywork:/usr/local/mywork <image> command

便利なコマンド

Dockerfile のキーワード CMD は、Docker の run コマンドが指定されていない場合に実行される スクリプトを指定できます。

キーワード ENTRYPOINT は、command フラグが含まれているかどうかに関係なく、コンテナ内で常に実行される スクリプトを定義します。

エントリポイントは、実行時に次のオプションで上書きできます（ここでは sh を例として使用）:

--entrypoint /bin/sh

イメージを調べるには:

docker image inspect <image> 

Apptainer

Linux ホストには apptainer（旧称 Singularity）があり、Docker と同様に実行できます。 イメージの保存にはキャッシュディレクトリを使用するため、そのキャッシュは ディスク容量に余裕のある場所に設定することをお勧めします。以下の例では /path/to/user/cache を使用しています:

export sif_cache=/path/to/$USER/sif

続いて:

export APPTAINER_CACHEDIR=$sif_cache/apptainer-cache 
export APPTAINER_TMPDIR=$sif_cache/apptainer-tmp 
export TMPDIR=$sif_cache/apptainer-tmp 

apptainer exec --cleanenv --bind ~/mywork:/usr/local/mywork \
  <image> command